अटल बिहारी वाजपेयी सरकार (2000-2004) में जनरल खंडूड़ी ने सड़क परिवहन मंत्रालय का जिम्मा संभाला। उन्हें भारत की आधुनिक सड़क संरचना का वास्तुकार माना जाता है। स्वर्ण चतुर्भुज परियोजना के तहत दिल्ली, मुंबई, चेन्नई और कोलकाता को जोड़ने वाली इस महात्वाकांक्षी योजना को उन्होंने समय सीमा के भीतर पूरा करने पर जोर दिया। प्रधानमंत्री ग्राम सड़क योजना के तहत ग्रामीण इलाकों को मुख्य सड़कों से जोड़ने के लिए इस योजना के क्रियान्वयन में उनका सैन्य अनुशासन काम आया, जिससे पहाड़ों में कनेक्टिविटी में सुधार हुआ।

उत्तराखंड का कार्यकाल भी था ऐतिहासिक

जनरल खंडूड़ी 8 मार्च 2007 से 27 जून 2009 तक उत्तराखंड के मुख्यमंत्री थे। 11 सितंबर 2011 को तत्कालीन मुख्यमंत्री रमेश पोखरियाल निशंक के इस्तीफे के बाद वे दोबारा राज्य के मुख्यमंत्री बने। उनका मुख्यमंत्री काल भी गुड गवर्नेंस (सुशासन) के लिए जाना जाता है। 2011 में जब अन्ना हजारे का भ्रष्टाचार विरोधी आंदोलन चरम पर था, तब जनरल खंडूड़ी ने उत्तराखंड में देश का सबसे सख्त लोकायुक्त बिल पेश किया। इसमें मुख्यमंत्री को भी जांच के दायरे में रखा गया था। उन्होंने सरकारी सेवाओं को समय पर देने के लिए कानून बनाया ताकि आम जनता को दफ्तरों के चक्कर न काटने पड़ें। उन्होंने तबादला नीति को पारदर्शी बनाया ताकि सिफारिशी तबादलों पर रोक लग सके। उन्होंने साफ कर दिया था कि काम नहीं तो वेतन नहीं।